Kereta api Siantar Ekspres merupakan kereta api kelas ekonomi yang melayani rute dari  Medan - Pematang Siantar. Kereta Api Siantar Ekspres kereta api kelas ekonomi (K3) yang menguhubungkan Medan dengan Pematang Siantar. KA Siantar Ekspres merupakan satu-satunya kereta api yang melayani rute Medan-Siantar. Awalnya, kereta ini berangkat 2 kali sehari, namun berubah menjadi  1 kali sehari sejak September 2013. 

Sepanjang rute perjalanan, kereta api ini melakukan pemberhentian di beberapa stasiun, yakni stasiun Siantar,  Dolok Merangir, Baja Linggei, Tebing Tinggi, Bamban, Lidah Tanah, Lubuk Pakam, Aras Kabu, Batang Kuis, Banda Klipah, Medan dan sebaliknya sejauh 217 km dan memakan waktu 3 jam 50 menit. 

Kereta Api ini berangkat dari Siantar ke Medan pukul 06.20 dan dari Medan ke Siantar pukul 14.00. Karena hanya melayani untuk kelas ekonomi, harga yang ditetapkan sama yaitu seharga Rp. 22.000. Harga ini sesuai dengan fasilitas yang diberikan Kereta Siantar Ekspres.

Fasilitas yang ditawarkan kereta api ini juga lengkap mulai dari tempat duduk kulit, meja kecil, AC, stop kontak, dam toilet pada tiap gerbongnya. Selain itu pada tiap gerbongnya juga terdapat larangan merokok, hal ini dilakukan demi kenyamanan penumpang kereta Siantar Ekspres.

Rangkaian kereta ini cukup pendek, kereta api Siantar Ekspres memiliki rangkaian 3 kereta api ekonomi penumpang, dan 1 Pembangkit yang ditarik oleh sebuah lokomotif BB302, BB303, dan terkadang CC201.