Kereta api Senja Utama Yogyakarta dioperasikan oleh PT Kereta Api Indonesia (Persero), merupakan kereta api kelas Bisnis AC Plus. Kereta yang berada dalam pengelolaan Daerah Operasi 6 Yogyakarta ini menghubungkan kedua kota Yogyakarta-Jakarta melalui koridor Stasiun Tugu Yogyakarta dan Stasiun Jakarta Pasar Senen. KA Senja Utama Yogya akan memakan waktu maksimal 8,5 jam untuk melakukan perjalanan dari Yogyakarta ke Jakarta, maupun sebaliknya.

Untuk perjalanan tujuan Jakarta, KA Senja Utama Yogyakarta akan singgah di Stasiun Wates, Stasiun Kebumen, Stasiun Gombong, Stasiun Purwokerto, Stasiun Ciledug, Stasiun Cirebon, dan Stasiun Jatinegara. Sedangkan untuk perjalanan tujuan Yogyakarta, kereta ini hanya akan singgah di Stasiun Wates, Stasiun Kutowinangun, Stasiun Notog, Stasiun Purwokerto, Stasiun Cirebon, dan Stasiun Jatinegara.

Setiap harinya, kereta ini hanya menyediakan satu jadwal keberangkatan pada senja hari, pergi pulang. Jadwal keberangkatan dari Stasiun Jakarta Pasar Senen tersedia pukul 19.00 dan direncanakan untuk tiba di Stasiun Yogyakarta menjelang pukul setengah empat pagi. Sementara itu, jadwal keberangkatan KA Senja Utama Yogyakarta dari Stasiun Yogyakarta tersedia pukul 17.45 dan direncanakan untuk tiba di Stasiun Jakarta Pasar Senen pada pukul 02.05.

Sebagai kereta api kelas Bisnis AC Plus, KA Senja Utama Yogyakarta menghadirkan fasilitas yang memanjakan penumpang. Fasilitas tersebut utamanya berupa gerbong penumpang yang lengkap dengan AC, TV, dan toilet, tempat duduk yang nyaman, stop kontak, meja kecil di samping tempat duduk, bagasi, maupun layanan makanan berbayar di kereta makan. Tarif kereta api Senja Utama Yogyakarta ini berkisar antara Rp220.000 - Rp265.000 per penumpang.