Kereta Api Probowangi dioperasikan oleh PT Kereta Api Indonesia (Persero) Daerah Operasi IX Jember untuk melayani perjalanan lintas Banyuwangi Baru-Surabaya Gubeng. Dalam operasionalnya, kereta api Probowangi termasuk kereta yang menyediakan gerbong dari kelas Ekonomi AC. 

Dalam perjalanannya, kereta api ini berhenti di Stasiun Banyuwangi Baru, Karangasem, Rogojampi, Temuguruh, Kalisetail, Sumberwadung, Glenmore, Kalibaru, Kalisat, Jember, Rambipuji, Tanggul, Klakah, Leces, Probolinggo, Pasuruan, Bangil, Sidoarjo, Waru, Wonokromo, dan Surabaya Gubeng.

Beroperasi sejak tahun 2000, KA Probowangi melayani perjalanan lintas kota dengan total jarak tempuh 308 kilometer sekali jalan. KA Probowangi menyediakan fasilitas sesuai dengan kelas penumpangnya. Fasilitas utama yang tersedia di seluruh kelas adalah AC dan toilet. Selain itu untuk makan dan minum disediakan pada kereta restorasi.

Mulai tanggal 11 Februari 2014, kereta api ini yang semula hanya sampai di Stasiun Probolinggo diperpanjang rutenya hingga Stasiun Surabaya Gubeng dan sejak 14 April 2014 diperpanjang lagi hingga Stasiun Surabaya Kota, serta jadwal perjalanannya diubah sehingga memungkinkan kereta api ini dapat dinaiki penumpang tanpa harus berhenti cukup lama di Probolinggo. Namun, mulai tanggal 1 April 2017, KA Probowangi kembali hanya sampai Surabaya Gubeng.

Harga tiket kereta api Lodaya berkisar antara Rp27.000-Rp56.000 per penumpang kelas Ekonomi AC. Besaran harga tiket ini menyesuaikan pada jarak tempuh di dalam perjalanan kereta api.