Kereta Api Malioboro Ekspres merupakan layanan transportasi berbasis rel untuk jurusan Kota Malang-Yogyakarta. Kereta yang dikelola oleh PT KAI (Persero) Daerah Operasi 6 Yogyakarta secara khusus melayani perjalanan antarkota dengan melewati Kota Madiun dan Blitar. Adapun stasiun utama dalam relasi ini adalah Stasiun Malang Kotabaru dan Stasiun Yogyakarta Tugu.

PT KAI (Persero) menyediakan KA Malioboro Ekspres secara khusus dalam layanan kelas campuran Ekonomi AC dan Eksekutif. Kereta api yang beroperasi sejak tahun 2012 ini memiliki frekuensi perjalanan sebanyak dua kali, pergi pulang. KA Malioboro Ekspres akan menempuh jarak antarkota sejauh 390 km dengan kecepatan rata-rata 60-100 km per jam, menjadikannya mampu mencapai tujuan akhir dalam waktu 7-7,5 jam sekali jalan.

Dengan frekuensi perjalanan dua kali sehari pergi pulang, KA Malioboro Ekspres terbagi atas kereta pagi dan kereta malam. Kereta pagi berangkat pukul 08.20 dari Kota Malang dan pukul 07.45 dari Kota Yogyakarta. Sementara itu, KA Malioboro Ekspres malam berangkat pukul 20.10 dari Kota Malang dan pukul 20.45 dari Kota Yogyakarta. Secara spesifik, selama perjalanan ini KA Malioboro Ekspres akan singgah pada stasiun berikut: Stasiun Kepanjen, Stasiun Wlingi, Stasiun Blitar, Stasiun Tulungagung, Stasiun Kediri, Stasiun Kertosono, Stasiun Nganjuk, Stasiun Madiun, Stasiun Solo Balapan, dan Stasiun Klaten.

Perihal tiket, KA Malioboro Ekspres menyediakan tiket dengan variasi harga sesuai kelas kereta. Kelas Eksekutif umumnya menyediakan tiket dalam kisaran tarif Rp210.000-Rp250.000 per penumpang. Untuk kelas Ekonomi, tarif tiket KA Malioboro Ekspres tersedia dalam kisaran Rp140.000-Rp175.000 per penumpang.